Le Comité d'administration de la Fondation est composé de membres bénévoles nommés par le Consistoire de l’Eglise Réformé de Mulhouse, sous l'autorité du Préfet. 

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Le Comité d’administration a pour mission d’établir la politique générale de la Fondation, en lien direct avec la Direction Générale. Il délibère sur des sujets tels que le budget, le projet d’établissement, les programmes d’investissements ou encore les actions de coopération.

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En près de 165 ans d'existence, de 1860 à ce jour, seuls neuf présidents ont assuré les destinées du Diaconat. Cela témoigne d'une grande stabilité et de la continuité de l'esprit qui anime la Fondation.

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Le Comité de Direction (CODIR) est composé des directions de chaque établissement ainsi que des directions des services transversaux.